Biyolojik 3D model arşivinden STL dosyası elde etmek...

PDB sitesinde Mayıs ayının modeli "Zika Virüsü" olarak belirlenmiş.

   Biyolojik makromoleküler yapılar hakkında bilgi bulabileceğiniz RCSB PDB internet sitesinde molekül yapıları 3D olarak modellenmiş durumda. Sitede , bu yazıyı yazdığım tarihte mevcut olan toplam makromolekül sayısı 118,587 adet olarak belirtilmişti. Molekül modellerine planlı aralıklarla yenileri ekleniyor. Modellerin tamamı bilimsel formatlarda ve sadece bilgisayar ortamında gözlemlenebiliyor. Bu modelleri gerçek fiziksel nesnelere dönüştürebilmek ve gerektiğinde eğitim malzemesi olarak kullanmak amacıyla Autodesk tarafından bir proje yürütülüyor: Molecule Viewer .

   Molecule Viewer uygulamasında bir molekülün 3D modelini açmak için o molekülün PDB numarasını ilgili kutucuğa girip , enter'e basmak yeterli. Molecule Viewer içerisinde açılan 3D model üzerinde bir takım görsel değişiklikler yapmanız da mümkün. Sözgelimi renkleri değiştirebilir veya model üzerinde notlar alabilirsiniz.

   Molecule Viewer web tarayıcısı üzerinden çalışabilen ve bilgisayarınıza kurulum gerektirmeyen bir uygulama. Uygulamada açtığınız 3D modeli STL formatında dışarıya aktarabiliyorsunuz. Bu sayede modelin 3D baskısını almak mümkün olabiliyor. Uygulama 3D modelin STL dosyasını oluştururken modeli kısımlara ayırarak birden fazla parça halinde çıktı verebiliyor. Bu nedenle uygulamadan alacağınız dosya formatı *.stl.tar.gz şeklinde oluyor. STL dosyalarını elde etmek için bu sıkıştırılmış dosyaya güncel bir dosya sıkıştırma-açma yazılımı (7zip,Winrar v.s.) vasıtasıyla iki kez açma işlemi uygulamanız gerekli.

   Resimlerden de görüldüğü üzere oldukça karmaşık yapılara sahip moleküllerin masaüstü kişisel 3D yazıcılarda yazdırılması bir hayli zor , ancak imkansız değil. Model gereken ölçülerde gerektiği sayıda parçalara ayrılarak 3D yazdırma işlemi yapılabilir. Yazdırma sonrasında modelin parçaları yapıştırılarak toplanabilir. Bir diğer seçenek ise endüstriyel 3D yazıcılardan birinde modelin renkli çıktısını almaktır , ki bana kalırsa bu tarz modeller için bu seçilecek en iyi yöntemdir.